Để áp dụng thành công tiêu chuẩn này trong sản xuất gạo hữu cơ, người sản xuất cần lưu ý:

• Đánh giá lựa chọn khu vực sản xuất: Hoạt động đánh giá/lựa chọn khu vực sản xuất lúa gạo hữu cơ là bước đầu tiên cần tiến hành trước khi quyết định bắt đầu chuyển đổi từ sản xuất thông thường sang sản xuất hữu cơ. Việc đánh giá, ngoài các quy địch về khoảng cách an toàn với khu dân xư, nguồn ô nhiễm còn phải tuân thủ theo yêu cầu của QCVN 03-MT:2015 về giới hạn cho phép của một số kim loại nặng trong đất, QCVN 15:2008/BTNMT về dư lượng hóa chất bảo vệ thực vật trong đất, QCVN 08-MT:2015 về chất lượng nước mặt. Hoạt động đánh giá tại khu vực sản xuất cần được thực hiện hàng năm nhằm phát hiện kịp thời các mối nguy tiềm tàng như rác thải, hoạt động sản xuất công nghiệp.

• Thiết kế khu vực sản xuất lúa gạo hữu cơ: Việc xây dựng, thiết kế khu vực sản xuất lúa hữu cơ phụ thuộc rất nhiều vào đặc điểm, điều kiện sản xuất lúa tại các vùng/ các khu vực ở Việt Nam. Đối với khu vực sản xuất lúa là diện tích sản xuất tập trung, nằm trong các khu vực/cánh đồng đã được quy hoạch của các địa phương. Điều kiện cơ sở hạ tầng của các khu vực canh tác lúa cơ bản đã được đầu tư tương đối đầy đủ, bài bản từ hệ thống đường giao thông nội đồng, đến hệ thống tưới (cơ bản đã được kiên cố hoá), hệ thống tiêu thoát nước. Đối với khu vực sản xuất lúa nằm trong các bờ bao (ngăn lũ, kiểm soát sự xâm nhập mặn vào khu vực sản xuất (VD một số nơi thuộc Đồng Bằng Sông Cửu long, các khu vực sản xuất lúa kết hợp với nuôi trồng thuỷ sản…) thì việc thiết kế khu vực sản xuất phụ thuộc rất lớn vào đăc điểm nguồn nước cũng như khả năng cung cấp nước đảm bảo cho sự sinh trưởng phát triển của cây lúa, trong đó đặc biệt quan tâm tới việc kiểm soát phèn, mặn. Trong trường hợp kết hợp trồng lúa với nuôi trồng thuỷ sản, cần đảm bảo khu vực sản xuất có đủ lượng nước cho sự sinh trưởng và phát triển của các loại thuỷ sản trong ruộng lúa, đồng thời cần thiết phải đào các rãnh lớn  trong ruộng lúa (để làm nơi cư trú của thuỷ sản. Độ sâu, chiều rộng và số lượng rãnh trên ruộng phụ thuộc vào tỷ lệ lúa/thuỷ sản mà đơn vị mong muốn áp dụng.